生命科学論文の効率的管理と
PubMed必読論文の自動推薦
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TogoDocサーバ@DBCLS

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TogoDoc論文

お知らせtwitter

http://twitter.com/togodoc

開発元

ライフサイエンス統合
データベースセンター

東京大学大学院理学系研究科
生物科学専攻バイオインフォ
マティクス研究室

ライセンス

TogoDoc Client ソフトウェア:
BSD License
その他のコンテンツ:
Creative Commons License

TogoDoc Clientの使い方

TogoDoc Clientは4つの「ペイン」から構成されています.

左上(論文エクスプローラ):Clientが管理しているフォルダと,そこに保存されているPDF論文が表示されます.
右上(論文タブ):現在選択されている論文の情報が表示されます.
左下(タグエクスプローラ):タグごとに分類して論文を表示します.
右下(検索ペイン):検索結果や,必読論文の推薦情報が表示されます.

特長:手軽な文献管理・PubMed必読論文自動推薦

TogoDoc Clientによる論文管理は,登録したフォルダに論文PDFファイルを保存していくだけを基本にしています.
「起動時に自動ログインを行う」にチェックが入っていれば,今後Clientを起動するたびに,自動的にフォルダに追加された論文PDFを見つけ解析を行ってくれます.
さらに,新たにPubMedに登録された論文の中から,あなたの論文フォルダの内容を参考にTogoDocサーバで計算された必読論文を受信し,右下の検索ペインに表示します.

論文エクスプローラ

このペインには,TogoDoc Clientが管理しているフォルダと,保存されているPDFファイルの一覧が表示されます.
新規追加文献など,未チェックの論文はファイル名の前に「*」が付き,リストの上部に表示されます.
また,自動解析に失敗した文献は異なったアイコンで表示されます(ここではReagentsCatalog.pdf).

ファイルを右クリックすることで,様々な機能を利用することができます(右図).特に,
「関連文献の検索」からは,選択されている論文の内容を元に,似た内容の論文をフォルダ内や文献データベースから検索することが,
「TogoDocへPDFファイルをアップロード」からは,PDFファイルをTogoDocサーバへアップロードし,ウェブ上でPDFファイルを管理することが可能です.
フォルダを右クリックしてこれらの機能を選択することで,まとめて検索・アップロードすることも可能です.

論文タブ

このペインには,現在選択されている論文の詳しい情報が表示されます.
様々なリンクをクリックすることで,PDFファイルを閲覧したり,論文のウェブサイトを開いたりすることが可能です.
「タグ」の欄には,自分で作成したタグが表示されます.新しいタグは,「+」マークのついたタグ作成ボタンから作成できます.
また,論文管理をさらに簡単にするため,システムはタグの推薦を行います.点線で囲まれたタグをクリックすることで,これらのタグを取り入れることができます.
関連文献の検索機能は,このペインの左下の「検索」メニューからも利用可能です.
この機能を活用することで,例えば,昔読んだが存在を忘れていた重要な論文などに再び出会うことができるでしょう.

タグエクスプローラ

このペインには,タグを付加されている論文が表示されます(一つの論文に複数のタグがついている場合,その論文はそれぞれのタグの下に表示されます).
論文タブでタグを付ける以外にも,このペインのタグ作成ボタンからタグを作り,論文エクスプローラから論文をドラッグアンドドロップすることでタグを付けることもできます.
なお,この画面にあるように,タグは「子タグ」を持つこともできます.

検索ペイン

このペインには,Client起動時にPubMed必読論文の一覧が表示されるほか,論文キーワード検索,書誌情報検索,関連文献検索の結果が表示されます.

自動ファイルリネーム

TogoDoc Clientには様々な機能がありますが,特に便利な機能の一つが,PDFファイルの名前を自動でリネームする機能です.
「ファイル」から「すべてのPDFファイルの名前変更(パターン指定)」を選択すると,あなたのスタイルに合わせてファイル名をまとめて変更することができます.
さらに「自動リネームの設定を変更する」と,今後フォルダに追加されたPDFファイルの名前も指定したスタイルに自動的に変更されます.
これでもうダウンロードした論文PDFをいちいちリネームする必要はありません

複数のPCでTogoDoc Clientを使う

PDFファイルをTogoDocサーバにアップロード(「論文エクスプローラ」参照)することで,複数のPCでデータを同期することができます.
PDFアップロードを行ったら,別のPCにTogoDoc Clientをインストールし,空のフォルダをPDFファイルの保存先として指定し,同じOpenIDでログインしてください.
自動的にPDFファイルのダウンロードおよび書誌情報の同期が始まります.
(サーバ側のデータで置き換えるかを問われるので,はい(Y)を選択してください.また,PDFファイル名はPubMedID.pdfの形式でダウンロードされるので,自動ファイルリネーム機能を利用されることをお勧めします.)

TogoDoc Clientのアップデート

ソフトウェアのアップデートの通知があった際には.指示に従って進めてください(アップデートの方法).

マニュアル

さらに詳しい使用法についてはユーザーズガイドtdc-jmanual.pdfをご参照ください.
また,TogoDoc Clientプラグイン開発に関してはtdc-jpluginmanual.pdfにて詳述しています.